Les plateformes de bioinformatique du réseau Biogenouest (ABiMS, BiRD, GenOuest et SeBiMER) vous proposent une formation “FAIR-bioinfo” à destination des bioinformaticien.ne.s, bioanalystes et biostatisticien.ne.s.

Cette formation aura lieu en présentiel les 9 et 10 octobre 2024 à Rennes, Campus Numérique Beaulieu.

Lors de cette formation seront présentés les principes “FAIR” (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) et leur application dans les projets d’analyse et de développement.  

Des présentations théoriques suivies d’utilisations pratiques de plusieurs outils (git, notebooks, gestionnaires de workflows Snakemake, Nextflow, Galaxy …) permettant d’améliorer la reproductibilité des analyses seront proposées.

Frais d'inscription : 100€ 

Date limite d'inscription : 20 septembre 2024

Programme

Introduction FAIR

Organiser son projet

Présentation des infrastructures / SLURM

Présentation du Use Case

Les Notebooks

TP - Création Jupyter Notebook

Initiation à Conda

TP - Conda

Initiation aux Containers

TP - Containers

Introduction à Git

TP - Git

Workflows

TP - Workflows (Galaxy, NF, SMK)

Pour des informations complémentaires, contactez pf-bird@univ-nantes.fr